- Cadenas antiparalelas

Las dos cadenas de ADN son antiparalelas, por tal razón la ADN polimerasa puede solamente sintetizar un nuevo ADN en la dirección 5' a 3'. Esto produce problemas especiales para replicar una doble cadena de ADN.

En el momento de la replicación de ADN, la doble helice debe abrirse, trabajo que es realizado por el enzima HELICASA, que rompe los puentes de hidrogeno que unen la hebra de ADN formando la horquilla de replicación, a medida que la helicasa va rompiendo la cadena, se deben ir replicando las nuevas cadenas, para esto debe empezar con un fragmento de RNA, llamado RNA cebador para iniciar luego la nueva secuencia de ADN, en la cadena continua, los nuevos desoxirribonucleotidos se sintetizan en dirección 5' -> 3', pero la otra cadena, cadena discontinua, se encuentra en sentido contrario, por la condición de antiparalelismo que el ADN posee. Luego la síntesis de los nuevos nucleotidos no puede llavarse a cabo de forma continua, debido a que los nucleotidos deben sintetizarse en sentido 5' -> 3' y la cadena discontinua esta en sentido 3' -> 5', luego a medida que la helicasa va rompiéndola cadena original, debe agregarse un cebador en el extremo 3' de la cadena discontinua, luego sintetizar ADN hasta el ARN cebador anterior. Estos fragmentos de ARN cebador, luego deben ser reemplazados por secuencias de ADN, los cebadores son retirados o degradados por la ADN polimerasa I, siendo sustituidos por los dNTP's correspondientes en lo que se conoce como desplazamiento de la mella. Posteriormente, una vez han sido retirados los cebadores de RNA, la ADN ligsa une los extremos de los fragmentos de Okazaki y da lugar a una cadena continua de ADN.